Desde el mismo momento de su publicación en 1876, ha sido Doña Perfecta una obra de continuo éxito editorial y de público y ha resultado la más estudiada de las novelas galdosianas tras Fortunata y Jacinta. Igualmente, ha sido una de las obras más influyentes sobre autores posteriores, además de uno de los textos españoles más leídos después del Quijote.

A pesar de esto, o por ello mismo, ha sido acusada también de ser una obra defectuosa, inmadura, partidista, de tesis... e, incluso, de no ser una novela sino un panfleto anticlerical y anticatólico, obviándose que presenta tal serie de elementos diversos que su comprensión y su análisis se convierten en una empresa compleja y difícil de realizar.

Y hasta tal punto se conforma, así, una obra enrevesada que la crítica no ha conseguido ponerse de acuerdo en algunos de sus aspectos centrales; en último término, a causa de la habilidad del por entonces joven Galdós para presentar una obra extraña, en bastante medida, no sólo al panorama literario español de comienzos de la Restauración borbónica, sino de lo que se acostumbraría a escribir y leer todavía años después.